本系以整合工程科學與生物醫學基礎知識，培養健康福祉科研與產業之關鍵人才為宗旨。生物醫學工程師所扮演的角色是使用傳統的工程專業知識來分析並解決生物學及臨床醫學的問題，對健康照護提供了全面性的改善。選擇進入生物醫學工程領域的學生要能完成三方面的使命：服務人類、以活生生的生命體為工作對象的熱情、將先進科技應用在醫療照護。一位生醫工程師會與其他健康照護的專業人員如醫生、護士、治療師、技師等組成團隊以提供完善的服務，而他將會被要求擁有多項的能力，包括設計醫療儀器、裝置與軟體，從多元性的技術來源以整合多樣的知識，來發展創新的醫療流程，或是為解決臨床問題而帶領研究的需求。目前國內醫材科技產業仍在萌芽成長階段，對於人才的需求將日益殷切，也會成為繼電子科技、電腦資訊、光電產業、網路通訊之後而起的下一波明星產業！
大學部：
- 強化工學院基礎科目（微積分 物理 化學）; 並藉由醫工導論與普通生物課程橋接工學與生物領域。
- 強化工程數學與電資／機械／材料三大領域核心課程；同時建構解剖學／生理學等基礎醫學知識。
- 藉由專題研究與臨工實習及其他專業選修課程進一步橋接工程專業與生物醫學應用。
- 以醫療器材設計、法規與專利以及跨域自由選修作為邁入醫療器材研發領域最後一哩路。
研究所：
- 進行分組研修，讓不同背景之學生可快速進入生醫電子／生醫機械／生醫材料三大醫學工程領域核心專業課程。
- 強化各專業領域高等進階課程，使基礎教育得以推進至深入理論探究，對應用性研究提供學術深化之理論基礎。
- 調整與時俱進之生物醫學工程應用性課程，以因應科技發展趨勢之快速變化，降低學用落差。
- 國際課程（與頂尖大學、醫療機構、產業夥伴合作）
- 全英語授課
- 世界級師資
- 生物電子與資訊
- 生物機械與力學
- 生醫材料與感測
- 生醫工程技術創新
- MRI、超音波、訊號與影像處理
- 以影像探索腦部疾病
- 資料探勘、腦機介面技術
- 深度學習與神經形態運算
- 電刺激與細胞感測器
- 聽力與語音科學
- 醫學力學 / 生物力學
- 光電技術與感測器
- 控釋系統與奈米醫材
- 生物能源與再生醫
- 日本東北大學、日本大阪大學、立陶宛維爾紐斯大學、印尼萬隆理工學院、印度理工學院、美國普渡大學、美國喬治亞理工學院、美國史丹佛大學、美國約翰·霍普金斯大學、洛杉磯加利福尼亞大學
- 鴻海精密工業、漢王機械、聯合骨科器材、三鼎生物科技、鐿鈦科技、博晟生醫、澤方科技、尚品醫療器材、瑞音生技與瑞昱半導體、ITRI & TIRI、厚美德生物科技
畢業發展
- 資訊科技 / 半導體 / 人工智慧
- 化學材料產業
- 政府醫療機構
- 醫材產業
- 學術界